Qual a função da opção Gerar web application?
Esta opção está disponivel no Gvinci e permite gerar aplicação no modelo de Web Application. Quando desmarcado, irá gerar no padrão Site

Qual diferença entre Gerar como web site ou Web Application?
A opção desmarcada, gera o sistema no padrão site web, e quando marcado gera no padrão Web Application.
A diferença entre Web Site e Web Application no ASP.NET está principalmente na forma como o projeto é estruturado, compilado e gerenciado dentro do Visual Studio. Aqui vai um panorama geral para te ajudar a entender qual se encaixa melhor na sua necessidade:
Projeto do tipo Web Site
Não há um arquivo de projeto (
.csproj
), o que significa que o Visual Studio trabalha diretamente com a estrutura de pastas.Compilação dinâmica: os arquivos são compilados sob demanda quando você acessa uma página.
Adição de arquivos é direta: você pode simplesmente adicionar arquivos na pasta, e eles já são considerados parte do projeto.
Mais flexível, ideal para mudanças rápidas.
Cada página tem seu próprio assembly, o que pode dificultar a manutenção em projetos grandes.
Projeto do tipo Web Application
Tem um arquivo de projeto (
.csproj
), com estrutura mais formal.Compilação antecipada: todo o código é compilado antes da publicação, gerando um único assembly (DLL).
Mais controle sobre os arquivos incluídos no build.
Melhor performance de execução, especialmente em produção.
Mais indicado para projetos grandes ou que exigem integração com ferramentas de build, versionamento ou testes automatizados.
Ambos têm suporte a recursos modernos como master pages, temas, controles de login etc. A escolha depende do seu cenário: se quer algo ágil e simples para projetos menores, vá de Web Site; se prefere robustez e controle, Web Application é o caminho.
Se você estiver usando o Gvinci, há uma opção de “Gerar Web Application” que reflete exatamente essa escolha — marcado gera como Web Application, desmarcado segue o modelo de Web Site.
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